Lo único que hay que hacer es llamar al comando alltray antes del nombre de la aplicación a lanzar, por ejemplo:

alltray gedit

con este comando gedit se iniciará minimizado en el tray. Para volver a mostrar la ventana hacemos clic sobre el icono del área de notificación, y para volver a minimizarla, o bien pulsamos el botón de cerrar o bien hacemos clic sobre el icono de nuevo.

Pero a parte minimizar la aplicación al tray, alltray puede hacer otras cosas.

alltray –help

Por ejemplo -stask para que no se muestre en la barra de tareas, -s para no iniciar la aplicación minimizada, -st para que la aplicación se muestre en todos los espacios de trabajo o -g para establecer la posición en la que abrir la ventana.