Tendríamos que escribir algo así:

mencoder -vf rotate=1 -oac copy -ovc lavc entrada.avi -o salida.avi

Con -vf podemos añadir filtros con los que procesar el vídeo. En este caso añadimos un filtro rotate (rotar) para girar el vídeo. El número que sigue a rotate es un parámetro que indica si queremos rotar 90 grados e invertir (0), que es el comportamiento por defecto; rotar 90 grados (1), rotar 90 grados en sentido antihorario (2) o rotar 90 grados en sentido antihorario e invertir (3).

Con -oac podemos indicar el códec de audio a utilizar para codificar el vídeo. Podemos usar copy para copiar el audio del vídeo original sin modificar, pcm para usar pcm sin compresión; mp3lame para comprimir a mp3 usando LAME o lavc para usar un códec de la librería libavcodec.

-ovc es similar a -oac, pero en este caso lo que seleccionamos es el códec de vídeo. Con copy indicamos que no queremos recodificar el vídeo (que evidentemente en este caso no es lo que queremos), con raw codificamos a un formato sin compresión y con lavc se utiliza un códec de la librería libavcodec.